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TAKARA picoplex 單細胞 WGA 試劑盒
  • 品牌:clontech
  • 產地:美國
  • 貨號:R300723
  • 價格: ¥無/瓶
  • 發布日期: 2020-12-02
  • 更新日期: 2024-06-07
產品詳請
產地 美國
品牌 clontech
貨號 R300723
用途 擴增
純度 %
規格 5ml
是否進口

PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
· 單細胞(或<15 pg DNA)起始,可獲得可重復的結果
· *的等位基因再現性
· 易于使用和自動化
· 應用廣泛,可以用于微陣列,PCR等

PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以從單細胞擴增DNA,獲得高度可重復的文庫。細胞裂解和預擴增后,進行低背景的PCR擴增,并在3小時內獲得微克級產物。
除了延續之前PicoPLEX WGA Kit可進行高度可重復的拷貝數變異(CNV)分析外,該試劑盒通過使用高保真酶,盡可能減少擴增誤差,并能檢測單核苷酸變異(SNV)。

圖1. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技術

表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3進行高質量單核苷酸變異(SNV)檢測

以單細胞 (1cell) 和5個細胞 (5 cells) 的GM12878細胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式兩份),分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒,以及bulk gDNA對照制備全基因組擴增產物,進行SNV檢測的比較。其中B公司試劑盒雖然制備了足夠的擴增產物,但只有5 cells樣本中一個包含足夠的擴增子進行測序,而其他樣本無可用數據進行測序。根據Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 數據庫的交叉分析,預計GM12879細胞系總共存在78個SNVs。由于擴增子的設計,2×75 bp的讀取長度很短,78個SNVs中的4個未能檢測到。因此,檢測的SNV總數減少到74個。使用VarDict軟件,以≥10reads (10X coverage) 和等位基因頻率≥20%為基準從BAM文件分析SNV。與其他兩個公司試劑盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丟失率。
(數據來源于Takara Bio USA, Inc.)

圖2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV檢測

以來自不同細胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的單細胞起始,使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3擴增基因組。之后取1ng的擴增產物,使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫,并在Illumina MiSeq(PE 75)進行測序。對Fastq文件去除接頭序列信息后,與human genome assembly GRCh37進行比對。只分析常染色體。對于這兩個panels,校準歸一化至100萬reads,使用bedtools 2.25.0計算每1 Mb的 bin的reads數。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)繪制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3還顯示了可以高品質的進行染色體異倍性分析。



圖3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因組覆蓋范圍的重現性高

以GM12878的單細胞樣本起始(一式兩份),分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒擴增基因組。之后取1ng的擴增產物,使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫,并在MiSeq(PE 75)進行測序。然后與human genome assembly GRCh37進行比對,歸一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后,使用bedtools 2.25.0計算每個1 Mb的bin的reads數。對這兩個單細胞文庫的每個窗口的total read進行繪制,計算Pearson和Spearman相關性并在每個圖中標明。
Panel A. 包含異常值的樣本。*由于不同技術存在不同的偏差,沒有排除相關點,所以圖表的比例不同。
Panel B. 排除異常值的樣本。與A公司和B公司試劑盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的重現性和覆蓋度。 

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品牌                     貨號                                          產品名稱                                                        產品規格
TAKARA     R300381                             PicoPLEX DNA-seq Kit                                                   48 Rxns
TAKARA     R300670            SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit                   96 Rxns
TAKARA     R300672             SMARTer® PicoPLEX® Single Cell WGA Kit                                 96 Rxns
TAKARA     R300722                        PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3                                       96 Rxns
TAKARA     R400407                         ThruPLEX DNA-seq 96D Kit                                                96 Rxns
TAKARA     R400492                          ThruPLEX Plasma-seq 96D Kit                                           96 Rxns
TAKARA     R400586                       ThruPLEX Tag-seq 96D Kit                                                    96 Rxns


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